Soutenances de thèses

 

Madame Jade CHAKER soutiendra sa thèse en santé publique intitulée :

« Développements méthodologiques pour la caractérisation non-ciblée de l’exposome chimique interne humain
dans des études épidémiologiques »

« Methodological developments for the non-targeted characterization of the human internal chemical exposome
in epidemiological studies »

Le mercredi 1er juin 2022 de 14h00 à 18h00
Amphithéâtre Condorcet – EHESP Campus Rennes

La soutenance se tiendra en français et en présentiel.

Jade CHAKER a préparé sa thèse dans le cadre du Réseau doctoral en santé publique, sous la direction d’Arthur DAVID, enseignant-chercheur à l’EHESP. Jade CHAKER est inscrite à l’École doctorale biologie santé n°605.

Résumé de la thèse

Version française

L’exposition chronique à des mélanges complexes de contaminants chimiques (xénobiotiques) est suspectée de contribuer à la survenue de certaines maladies chroniques. Encouragées par le développement de la spectrométrie de masse à haute résolution (SMHR) et l’émergence du concept d’exposome, des méthodes analytiques non-ciblées commencent à voir le jour pour caractériser l’exposition humaine aux xénobiotiques sans a priori. Ces méthodes innovantes pourraient ainsi permettre un changement d’échelle pour identifier de nouveaux facteurs de risque chimiques dans des études épidémiologiques. Ces approches présentent néanmoins plusieurs verrous, en lien, entre autres, avec la présence des contaminants à l’état de trace dans des matrices biologiques. Une optimisation de chaque étape analytique (préparation d’échantillon) et bio-informatique (prétraitement des données, annotation) est donc indispensable pour surmonter ces limites. L’objectif principal de ce travail est d’implémenter un workflow non-ciblé applicable aux études épidémiologiques pour apporter une solution opérationnelle à la caractérisation de l’exposome chimique interne à large échelle. Les développements effectués ont permis de proposer un workflow de préparation d’échantillon simple à mettre en œuvre et s’appuyant sur deux méthodes complémentaires pour élargir significativement l’espace chimique visible (jusqu’à 80% de marqueurs spécifiques à une méthode). L’optimisation de logiciels de prétraitement des données, réalisée pour la première fois dans un contexte exposomique, a permis de démontrer la nécessité d’ajuster certains paramètres pour assurer la détection des xénobiotiques à l’état de trace. Le développement d’un logiciel pour automatiser les approches de profilage de suspects avec des prédicteurs MS1, ainsi que le développement d’indices de confiance a permis de prioriser les marqueurs pertinents pour la curation manuelle. Une application à large échelle sur 125 échantillons de sérum de la cohorte Pélagie a permis de démontrer la robustesse et la sensibilité de ce nouveau workflow, ainsi que d’enrichir l’exposome chimique documenté avec la mise en évidence de nouveaux biomarqueurs d’exposition

English version

Chronic exposure to complex mixtures of chemical contaminants (xenobiotics) is suspected to contribute to the onset of chronic diseases. The technological advances high-resolution mass spectrometry (HRMS), as well as the concept of exposome, have set the stage for the development of new non-targeted methods to characterize human exposure to xenobiotics without a priori. These innovative approaches may therefore allow changing scale to identify chemical risk factors in epidemiological studies. However, non-targeted approaches are still subject to a number of barriers, partly linked to the presence of these xenobiotics at trace levels in biological matrices. An optimization of every analytical (i.e. sample preparation) and bioinformatical (i.e. data processing, annotation) step of the workflow is thus required. The main objective of this work is to implement an HRMS-based non-targeted workflow applicable to epidemiological studies, to provide an operational solution to characterize the internal chemical exposome at a large scale. The undertaken developments allowed proposing a simple sample preparation workflow based on two complementary methods to expand the visible chemical space (up to 80% of features specific to one method). The optimization of various data processing tools, performed for the first time in an exposomics context, allowed demonstrating the necessity to adjust key parameters to accurately detect xenobiotics. Moreover, the development of a software to automatize suspect screening approaches using MS1 predictors, and of algorithms to compute confidence indices, allowed efficiently prioritizing features for manual curation. A large-scale application of this optimized workflow on 125 serum samples from the Pélagie cohort allowed demonstrating the robustness and sensitivity of this new workflow, and enriching the documented chemical exposome with the uncovering of new biomarkers of exposure.

Jury

Examinateurs

Michèle BOUCHARD, professeure – Université de Montréal (Canada) – Valérie CAMEL, professeure – AgroParisTech Paris (France) – Frédérique COURANT, maître de conférence – Université de Montpellier (France) – Christophe JUNOT, directeur de recherche – CEA de Saclay (France) – François LESTREMAU, ingénieur de recherche – IMT Mines Alès (France).

Directeur de thèse

Arthur DAVID, enseignant-chercheur – EHESP Rennes (France).

 

Madame Israa SALMA a soutenu sa thèse en sciences de gestion intitulée :

« L’implémentation des politiques qualités au niveau de l’activité des infirmières : l’exemple des procédures de certification dans les hôpitaux français »

« The implementation of quality policies at nurses’ activity level: the example of certification procedures in French hospitals »

Le mardi 15 mars 2022 à 13h00 sur le site parisien de l’EHESP
Amphithéâtre – 20 avenue George Sand – 93 210 La Plaine Saint-Denis

La soutenance s’est tenue en anglais et en présentiel.

Israa SALMA a préparé sa thèse dans le cadre du Réseau doctoral en santé publique, sous la direction de Mathias Waelli – membre associé de l’équipe « Recherche sur les services et le management en santé » (RSMS) de l’UMR Arènes et maître de conférence à l’Institut de Santé Globale, Université de Genève. Israa SALMA est inscrite à l’École doctorale 597 EDGE (École doctorale gestion économie).

Résumé de la thèse

Version française

L’implémentation des mesures qualité dans la pratique des professionnels constitue un enjeu essentiel de management des organisations de santé. Des recherches identifient des freins et des facilitateurs à l’intégration des mesures qualité à l’hôpital. On manque cependant de connaissance concernant leur intégration dans la pratique clinique. Cette thèse étudie la mise en œuvre de procédures de certification au niveau de l’activité infirmière en France. Elle suit une démarche en trois phases. Dans une première phase, nous avons réalisé une revue de littérature sur l’implémentation du changement dans la pratique infirmière. Cette revue a montré l’importance des recherches sur les facteurs systématiques qui favorisent l’implémentation des changements. Elle a montré aussi l’émergence en parallèle de recherches interrogeant l’impact du contexte local sur ce processus d’implémentation. Dans une deuxième phase, nous avons alors élaboré un cadre d’analyse qui intègre ces deux dimensions. Pour ce faire, nous avons d’abord mené une étude de cas exploratoire dans un CHU français entre avril et décembre 2019 combinant des observations (83h) et des entretiens semi directifs (n=16) auprès des managers et des infirmières. Les thèmes qui ont émergé de ce terrain ont ensuite été codés à l’aide du Quality Implementation Tool puis de la translational mobilisation theory. Nous avons procédé à une analyse combinée permettant d’élaborer un cadre intégrant les deux approches : integrated framework for implementation of change in nursing practices (IFINP). Dans un troisième temps, pour évaluer la généralisabilité et la pertinence de l’IFINP nous l’avons appliqué pour analyser les résultats de trois études de cas comparatives (n=33 entretiens) réalisées dans des hôpitaux de types et de tailles différentes, dans des secteurs d’activité différents. Le cadre s’est avéré assez flexible pour capturer l’ensemble des actions liées à l’implémentation de la certification. Les résultats ont montré une forte interférence des composants de l’IFINP.  Ces interférences nous aident à caractériser le contenu des facteurs systématiques repérés dans la littérature. C’est le cas notamment du leadership et du rôle joué par les managers sur le terrain. Ainsi, notre thèse contribue au développement des connaissances sur la mise en œuvre des procédures de qualité et des innovations au niveau du travail des infirmiers. Le cadre d’analyse offre aux managers une vision plus large des facteurs influençant les processus d’implémentation et un outil pratique pour les accompagner au quotidien.

English version

Implementing quality measures is essential to improve the performance of healthcare organizations. The integration of these measures, particularly certification, into professionals’ practice is a pivotal issue for managers and the management of healthcare organizations. However, research on the implementation of these quality procedures into routine practices remains limited. In this thesis, we studied the implementation of certification procedures at the level of nurses’ activity following an abductive approach. First, we reviewed the literature on the implementation of evidence-based changes in the nursing practice. This review showed that despite the importance of previous research on implementation factors, the impact of local context on implementation processes was poorly understood. Therefore, we developed an integrative framework in two stages. The first was inductive and consisted of a qualitative case study conducted between April and December 2019. Here, we analyzed the implementation of certification procedures in a French teaching hospital. Data were collected using 16 semi-structured interviews with managers and nurses and 83 hours of observations. The second was deductive in which we analyzed the emerged themes using the Quality Implementation Tool (QIT) and Translational Mobilization Theory (TMT). The analyses were combined to construct the integrative framework for the implementation of change in nursing practice (IFINP). Then, to assess the generalizability of IFINP in multiple organizational settings, we conducted comparative case studies. Data were collected using 33 semi-structured with relevant actors in the implementation of the certification procedures from three hospitals different in type and size and within three sectors. The framework was flexible to capture the different actions and elements that emerged during the implementation processes. These were helpful to characterize the leadership factors and managers’ role and showed a strong interference of the IFINP components. This thesis contributes to the development of knowledge relevant to the implementation of certification procedures at nurse’s level and offers a framework for managers with broader vision elements that influence the implementation processes at the organizational and professionals’ activity levels.

Jury

  • Irène GEORGESCU, Professor Institut Montpellier Management (rapportrice)
  • Michael SIMON, Associate Professor at University of Basel (rapporteur)
  • Aline CORVOL, Lecturer-hospital practitioner at the teaching hospital center of Rennes (examinatrice)
  • Etienne MINVIELLE, Professor Ecole Polytechnique/Institut Cancerology Gustave Roussy (examinateur)
  • Mathias WAELLI, Associate professor / Lecturer Institute of global Health, University of Geneva (directeur de thèse)
Mis à jour le 23 mai 2022